Usai lulus kuliah di Institut Sepuluh November Surabaya, Rifky langsung berkarir di Pertamina. Pria yang hobby gokart ini, disela-sela aktivitas pekerjaan senantiasa menyempatkan untuk kebut-kebutan di arena Gokart. Hobby ternyata sejalan dengan perjalanan karirnya, Rifky kemudian ditugaskan di salah satu anak perusahaan PT Pertamina (Persero) sebagai Direktur Pemasaran PT Pertamina Lubricants. Pada saat menjabat sebagai orang nomor satu di pemasaran PT Pertamina Lubricants, Rifky memiliki ide besar untuk menggandeng brand mobil sport kelas dunia sebagai brand ambassador produk pelumas Pertamina Fastron. Tentu saja ide Rifky ini sulit diterapkan ditengah posisi dominan produk pelumas Pertamina di dalam negeri., namun dia tidak patah semangat, bahwa membangun kepercayaan menggunakan pelumas pertamina, maka produk ini harus dibangun sebagai pelumas kelas dunia. Mentok berjuang di manajemen Pertamina Lubricant, justru ide tersebut malah ditangkap oleh Pertamina Korporat, maka jadi muluslah upaya Rifky untuk membranding produk fastron sebagai produk kelas dunia. Dari berbagai pertimbangan, maka dipilihlah Lamborgini sebagai mitra Pertamina.
Karir Rifky berlanjut di PT Pelita Air Servie (PT PAS) sebagai direktur pemasaran dan akhirnya menjadi President Director. PT PAS adalah anak perusahaan PT Pertamina yang bergerak dibidang operator penerbangan yang saat Rifky masuk kondisinya sedang sulit dan kondisi keuangan dalam keadaan tidak sehat. Maka harus ada strategi terobosan agar perusahaan dapat kembali sehat dan tidak terus menerus terpuruk seperti apa yang dialami oleh BUMN Merpati Airlines. Rifky bersyukur masa-masa melakukan restrukturisasi di PT Pelita Air Service mendapatkan dukungan penuh dari Dirut Pertamina saat itu yaitu Dwi Soetjipto
Selesai melakukan restrukturisasi di PT PAS, Rifky mendapatkan tawaran untuk bergabung di Kementerian Kelautan dan Perikanan serta mengikuti proses lelang jabatan dan pada akhirnya dipilih menjadi Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia dan Pemberdayaan Masyarakat Kelautan dan Perikanan KKP Menteri Kelautan dan Perikanan Susi Pudjiastuti.
Menangani pengembangan Sumber Daya Manusia (SDM) dan pemberdayaan masyarakat kelautan dan perikanan bukanlah hal baru bagi dirinya. Saat ia menjabat sebagai General Manager Fuel Retail Marketing Region IV Pertamina, pihaknya kerap kali melakukan pemberdayaan dan memberikan bantuan bagi nelayan untuk wilayah Jawa Tengah (Jateng) dan Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY), melalui Program Corporate Social Responsibility (CSR).
Pada tahun 2018 menteri Susi melakukan rotasi jabatan pada Kementrian Kelautan dan Perikanan, Rifky Effendi Hardijanto pun dilantik kembali sebagai Direktur Jenderal Penguatan Daya Saing Produk Kelautan dan Perikanan, Setelah dilantik Rifky Effendi Hardijanto diberi amanah oleh Menteri Susi, agar produk perikanan dapat bernilai jual di dunia pemasaran nasional maupun global, dan harus berhasil memasarkan hasil tangkapan nelayan tradisional, pemasaran untuk para nelayan adalah hal yang utama yang harus diperhatikan dan ditingkatkan.
Pada saat menjabat di KKP Rifky Effendi Hardijanto yang merupakan Direktorat Jenderal Penguatan Daya Saing Produk Kelautan dan Perikanan memperoleh penghargaan tertinggi Herudi Technical Commiittee Award (HTCA) tahun 2018 dari Badan Standardisasi Nasional (BSN). HTCA adalah penghargaan yang diberikan kepada sekretariat Komite Teknis yang melakukan pengelolaan dan perumusan SNI terbaik. Kegiatan penghargaan ini diberikan oleh BSN melalui seleksi yang di ikuti oleh 145 Komite Teknis dari berbagai Kementerian dan Lembaga. Tahun 2018 Ditjen PDSPKP berhasil mencetak quattrick penghargaan HTCA, setelah secara berurutan mendapatkannya dari tahun 2015-2018.
Rifky juga pernah dilantik menjadi Sekretaris Jenderal Kementerian KKP, sehingga tentu memiliki banyak kenangan dalam mendukung pemberantasan dan pembenahan sektor perikanan tangkap di Indonesia, serta menjadi bagian penting dalam mendukung kebijakan Menteri Susi untuk memberikan efek jera kepada para pencuri ikan yang berasal dari negara lain, termasuk kebijakan keras berupa menenggelamkan kapal pencuri tersebut.
Aktivitas di Ikatan Alumni ITS, saat ini menjadi Wakil Ketua Umum Bidang Kajian Strategis dan Kebijakan Nasional PP IKA ITS 2015-2019
