Organisasi Ikatan Alumni ITS dibagi menjadi 3 kelembagaan yaitu : Dewan Penasehat IKA ITS, Senat IKA ITS dan Pengurus Pusat IKA IT. Untuk Senat IKA ITS hanya ada di tingkat pusat. Dalam menjalankan organisasi Pengurus Pusat IKA ITS di bantu dengan Badan Kelengkapan IKA ITS di tingkat wilayah yang berbasiskan provinsi. Sedangkan untuk Komisariat Jurusan, menurut pasal 10 adalah merupakan media berkumpulnya anggota biasa IKA ITS yang dihimpun oleh Komisariat Jurusan. Tidak hubungan struktural antara Komisariat Jurusan dengan Pengurus Wilayah, hakekatnya Komisariat Jurusan adalah penyelenggara kegiatan.

Hubungan antara Senat IKA ITS dan Pengurus Pusat IKA ITS sangat berhubungan. Setiap tahun Pengurus Pusat IKA ITS memintakan pensahan rancangan Program Kerja yang telah diputuskan serta Senat IKA ITS , Senat IKA ITS juga memiliki kewenangan untuk membuat peraturan mengenai IKA ITS. Bahkan Senat IKA ITS dapat memberhentikan Ketua Umum IKA ITS jika melakukan pelanggaran. Secara rinci mengenai tugas dan kewenangan Senat IKA ITS dapat di lihat pada Anggaran Rumah Tangga Pasal 13. Sebagai Ketua Senat IKA ITS adalah Prof. Dr. Ir Muhammad Nuh DEA (saat ini menjabat Menteri Komunikasi dan Informasi Republik Indonesia).

Pengurus Pusat IKA ITS periode 2007-2011 berada dibawah duet kepemimpinan Ir. Dwi Soetjipto MM sebagai Ketua Umum dan Ir. Djawahir Adnan sebagai Sekretaris Jenderal, dengan badan Kelengkapan atau Pengurus Wilayah saat ini berjumlah 12 (dua) belas wilayah yaitu :